เหตุหลังจากภาคแรก 3 ปีชูยะริเริ่มตั้งขึ้นกรุ๊ปกบฎแล้วก็ขึ้นเป็นผู้นำก่อสงครามกับพวกคนแก่ กฏ BR ถูกนำกลับมาใช้อีกทีแบบโหดกว่าเดิม ชิโอริลูกสาวของคุณครูคิตาโนะที่ถูกชูยะยิงตายไปเมื่อภาคที่แล้วอยากค้นหาคำตอบเลยไปสมัครเรียนในสถานศึกษาที่มีแต่พวกเด็กเหลือขอ แล้วเด็กกรุ๊ปนั้นก็ถูกเลือกเฟ้นมาเล่นเกมชนิดเดียวกันกับพวกชูยะคือถูกพาตัวมาที่ค่ายจับใส่ปลอกคอมีคุณครูริกิที่ลูกสาวตายเนื่องจากว่าพวกชูยะก่อกบฏเป็นคนควบคุม เกมนี้ไม่เหมือนกับภาคแรกคือให้จับมาแบบเป็นๆคู่ถ้าคู่ตายก็จะต้องถูกระเบิดตายตามไปด้วยและไม่ได้ให้ล่าคุ้นเคยแต่ว่าให้ตามล่าชูยะกับพวกกบฏบนเกาะที่พวกชูยะกบดานอยู่ เกมนรก สถาบันพันธุ์โหด 2
เริ่มภารกิจแรกยังไปไม่ทันถึงเกาะก็เริ่มถูกกรุ๊ปของชูยะรุกรานตาย และจากนั้นก็ตายอีกตอนที่ไปเก็บกระสุนที่ถูกส่งลงมาจากเครื่องบิน พวกเด็กนักเรียนตัวหลักๆคือทากุกับพวกที่เหลือถูกพวกชูยะล้อมไว้ พวกชูยะใช้ระเบิดทำลายระบบแล้วก็ช่วยถอดปลอกที่มีไว้ใส่คอ ริกิส่งทหารเข้าไปแต่ว่าพวกชูยะจัดการได้ ชูยะบอกกระทั่งกรุ๊ปเด็กนักเรียนยอมเป็นพวกด้วย อยู่ๆสหรัฐฯก็ยิงอาวุธลูกแรก นายกสั่งให้ริกิจัดการเก็บกวาดให้หมดอีกทั้งเกาะริกิเองก็สวมปลอกคออยู่แบบเดียวกัน ชูยะให้พวกเด็กนักเรียนหนีออกทางอุโมงค์ชิโอริไม่ยอมไปขออยู่ดูจนถึงวินาทีท้ายที่สุด ทากุกับสหายอีกสองคนเปลี่ยนใจกลับมาสมทบกับชูยะ ริกิมาถึงบอกเรื่องที่ลูกถูกฆ่าตายในเหตุการก่อกบฏระเบิดที่ปลอกที่มีไว้ใส่คอริกิระเบิด ชิโอริถูกยิงบาดเจ็บถามชูยะก่อนตายถึงโนริโกะชูยะพูดว่าโนริโกะเป็นคนที่กล้าสบตาแล้วก็ยิ้มให้ผู้อื่นอย่างจริงใจ ชูยะกับทากุบุกออกไปก่อนที่อีกทั้งเกาะจะถูกถล่มพวกทากุกับที่เหลือถูกประกาศว่าหายสาบสูญ ทากุกับชูยะตามมาสมทบกับพวกที่เหลือรวมถึงโนริโกะแล้วทั้งหมดก็รวมตัวกันเดินหน้าถัดไป
